Algemeen

Google wil uw genoom opslaan in de cloud (Google Genomics)

Google wil uw genoom opslaan in de cloud (Google Genomics)

Google Genomics slaat menselijke genomen op in de cloud.Voor slechts $ 25 per jaar staat Google toe dat kopieën van het menselijk genoom in de cloud worden opgeslagen. Google biedt ziekenhuizen en universiteiten een nieuwe service. Heeft u genomen? Bewaar ze in onze cloud.

Google Genomics-project

Wordt genoemd Google Genomics en het is het eerste product van de zoekgigant voor het DNA-tijdperk. Het is een cloud computing-service die in maart 2014 werd gelanceerd en die, hoewel het onopgemerkt bleef door de spervuur ​​van Google R&D nieuws, zoals het plan om kanker te bestrijden met nanodeeltjes, het Genomics-project zou het meest relevante van allemaal kunnen zijn.

Kracht verbind en vergelijk duizenden of zelfs miljoenen genomen gaat de medische vooruitgang in het komende decennium stimuleren. Het opslaan van dit soort data is al iets waar bedrijven zoals Amazon, Google, IBM of Microsoft.

Anderhalf jaar geleden begon Google eraan te werken Genomics. Om dit te doen, ontmoette hij wetenschappers en creëerde hij een interface of IPA (Application Programming Interface) die hen toestond dragen genetische informatie over naar hun servers en voeren zo tests uit met dezelfde databasetechnologie die het web indexeert en miljarden internetgebruikers volgt.

David Glazer, Project Lead Engineer en voormalig Google+ Platform Engineering Manager, zei dat biologen zijn overgegaan van het één voor één bestuderen van genomen, naar het kunnen analyseren van miljoenen ervan. "De kans ligt in het implementeren van vooruitgang in datatechnologie om deze overgang te vergemakkelijken."

Hoewel sommige wetenschappers spotten Google's poging op het gebied van DNA als een te complex gebied voor het bedrijf, er zijn anderen die het als het begin van een revolutie beschouwen. Bioinformatica-expert Atul Butte van de Stanford University zei dat toen hij hoorde van de plannen van Google, hij begreep "hoe reisagenten zich gevoeld moeten hebben toen ze over Expedia hoorden".

De big data van het menselijk genoom

The Broad Institute, Cambridge (Massachusetts) gaf aan dat het in oktober is bereikt elke 32 minuten het equivalent van een menselijk genoom decoderen, wat ongeveer 200 terabyte aan "ruwe" gegevens oplevert.

Deze hoeveelheid informatieEchter, is minder dan wat grote internetbedrijven gewoonlijk afhandelen (De hoeveelheid informatie die het Broad Institute in twee maanden heeft opgeslagen, is gelijk aan wat er in één dag naar YouTube wordt geüpload). Toch, is een hoeveelheid veel beter dan wat biologen gewend zijn te hanteren.

Voor zijn deel, het National Cancer Institute (National Cancer Institute) zei dat zou $ 19 miljoen betalen om de 2,6 petabyte aan informatie van het High Cancer Genome naar de cloud te verplaatsen. Kopieën van gegevens van duizenden kankerpatiënten worden opgeslagen in Google Genomics en de datacenters van Amazon.

Het idee is om ‘genoomwolken voor kanker’ te creëren waarin wetenschappers informatie kunnen delen en virtuele experimenten kunnen uitvoeren, net zo gemakkelijk als zoeken op internet. Volgens Sheila Reynolds, een onderzoeker aan het Institute for Systems Biology in Seattle, "heeft niet iedereen de mogelijkheid om een ​​petabyte aan data te downloaden of de rekenkracht om ermee om te gaan."

De prijs van het opslaan van genoom

De overdracht van genetische gegevens naar de cloud is gegenereerd een prijzenoorlog tussen Google en Amazon.  Google heeft de prijs al bepaald: $ 25 per jaar om een ​​genoom op te slaan en een beetje meer als je er berekeningen mee wilt doen. Het genoom van een persoon staat echter gelijk aan 100 GB aan "ruwe" gegevens een meer gepolijste versie neemt minder dan 1 GB in beslag, wat slechts $ 0,25 per jaar zou zijn.

Somalee Datta, een natuurkundige die het Stanford University Genetic Data Computer Cluster leidt, zegt dat als gevolg van de recente prijsdaling, genomen op Google of Amazon opslaan kost hetzelfde als in uw datacenter. "De prijzen worden redelijker en we denken dat ze zullen blijven dalen."

Genomen in de cloud en startups

Cloudopslag is een drijvende kracht voor startups hoe Tute Tenomics, DNANexus, Zeven bruggen en NextCode Health. Wat deze bedrijven doen, is "browsers" creëren zodat ziekenhuizen en wetenschappers genetische informatie kunnen zoeken met Google of Amazon als hun motor.

Denis Kural, voorzitter van Zeven bruggen, slaat genoomgegevens op in de Amazon-cloud voor gebruik door 1.600 onderzoekers. Volgens Denis is dat het belangrijkste geneeskunde zal straks afhankelijk zijn van een soort DNA-internet waar doktoren op kunnen zoeken. “Als ze in de toekomst kanker ontdekken, kunnen de artsen mijn genoom en dat van de tumor sequencen, en ze zo doorzoeken in een database die nog eens 50 miljoen genomen bevat. Dit het zou het mogelijk maken om voor elk type patiënt de meest geschikte medicatie te vinden.”

Genomica en wetenschappelijke experimenten

Volgens Glazer Google begon aan Genomics toen al duidelijk was dat op het gebied van biologie data op grote schaal gegenereerd zouden worden.

Glazer zegt niet precies de omvang van Google Genomics noch hoeveel klanten heeft hij nu, maar geeft dat toe er zijn al minstens 3.500 genomen van openbare projecten op Google-servers opgeslagen. Hij heeft zijn genoom al gesequenced en ook geüpload naar de Google-cloud.

Het stelt ook dat er is geen relatie tussen de Google-cloud en Calico, misschien wel de meest gewaagde poging van het bedrijf in de zorgsector dat probeert te onderzoeken hoe de levensverwachting bij mensen kan worden verlengd. "Het enige dat ze gemeen hebben, is het overduidelijke vermogen van technologie om vooruitgang in de levenswetenschappen te stimuleren."

Somalee Datta verzekert van haar kant dat sommige Stanford-wetenschappers begonnen te gebruiken BigQuery, een Google-databasesysteem dat genoomgegevens ondersteunt. Dit systeem is ontwikkeld om grote databases met spam, webdocumenten of aankopen van consumenten te analyseren, maar ook zodat onderzoekers experimenten kunnen uitvoeren en duizenden of tienduizenden menselijke genomen kunnen vergelijken.

Bron: http://www.technologyreview.com/news/532266/google-wants-to-store-your-genome/

Video: - Machine learning meets gene editing (Oktober 2020).